Deus EX 3 conta a história de um ataque à divisão de pesquisas da corporação na qual Adam trabalha e, apesar de informações como quem realizou o ataque e qual o motivo por trás deste serem reveladas de maneira relativamente rápida, novas questões ainda mais intrigantes surgem com esta resposta.

Ao mesmo tempo, o jogador pode conhecer mais sobre o passado do protagonista do título ao visitar sua casa, onde fotos e diários guardam informações valiosas sobre seu passado obscuro.

O jogo traz ainda uma relevância muito grande aos passos do jogador: cada decisão sua afetará o futuro da aventura. Tais características evidenciam-se pelo fato de que a dificuldade dos chefões do jogo será calculada através de suas ações.

Da mesma forma, suas decisões influenciam o modo como as mulheres (que cumprirão papéis importantes no enredo) irão tratar seu personagem: além de encontrar algumas velhas conhecidas, Adam pode ser vítima de tentativas de seduções, bem como traições.

Na fase avançada do jogo, está confirmada uma missão de resgate que correrá o mundo todo, lembrando que o jogo se passa em cinco metrópoles bastante conhecidas ao redor do globo, mas somente três foram confirmadas: Shangai, Detroit e Montreal.