Há 10.000 anos atrás , os Winglies, por terem poderes mágicos, estavam sempre acima dos outros seres viventes e dominavam o mundo. Mas os humanos, cansados da opressão dos Winglies, decidiram lutar por sua liberdade, ao adiquirirem os poderes dos dragões. Sete humanos escolhidos por sua força e coragem se tornam os cavaleiros dragões, os Dragoons. Liderados por Zieg, os Dragoons e os humanos travaram uma grande guerra com os Winglies. Seis dos Dragoons são mortos na guerra, mas um deles, o líder Zieg, conseguiu levar junto com sua morte, o terrível Melbu Frahma, o imperador dos Winglies. Após a morte de seu imperador, os Winglies fugiram e desapareceram da face da terra. Os humanos conquistaram então sua liberdade finalmente. Mas 10.000 anos após a grande guerra entre Winglies e Humanos, o mundo parece precisar novamente do poder dos lendários Dragoons.

O jogador entra então na pele de Dart, um guerreiro que cresceu na vila de Seles, e está retornando ao seu lar após um duro período de treinamento ao redor do mundo. Para azar de Dart, ele descobre que sua vila foi atacada por soldados e que sua amiga de infância, chamada Shana, foi raptada! Dart parte então numa missão para resgatar a moça, sem saber que este é apenas o começo de um jornada que mudará não só sua vida, como o mundo em que vive!